A catedral teve sua construção iniciada em 1248 para guardar relíquias pertencentes aos três reis magos, trazidas de Milão pelo imperador Frederico Barbarossa e presenteado ao arcebispo de Colônia, em 1164. Em 1560 (312 anos depois do início das obras) a construção foi suspensa por falta de dinheiro, e a obra ficou parada por quase três séculos. Durante esse período, o prédio foi usado para os mais diversos fins, tendo servido como estábulo e prisão. Em 1824, com o patrocínio do rei Frederico IV da Prússia, as obras foram retomadas de acordo com os projetos e desenhos originais guardados desde a Idade Média. Foram adicionadas as torres e outras partes importantes da igreja. A inauguração foi celebrada como um grande evento nacional em 1880, 632 anos após o início da construção. Quando foi concluída em 1880, era o prédio mais alto do mundo. A catedral é dedicada a São Pedro e a Maria. Foi construída no local de um templo romano do século IV, um edíficio quadrado conhecido como a "mais velha catedral" e administrada por Maternus, o primeiro bispo cristão de Colônia. Uma segunda igreja foi construída no local, a tão chamada "Velha Catedral", cuja construção foi completada em 818, que acabou queimada em 30 de abril de 1248. Com a Segunda Guerra Mundial, a catedral acabou recebendo 14 ataques por parte de bombas aéreas mas com sorte não caiu; a reconstrução foi completada em 1956. Na base da torre noroeste, um reparo de emergência realizado com tijolos de má-qualidade retirados de uma ruína próxima da guerra permaneceu visível até fim da década de 1990como uma lembrança da guerra, mas então foi decidido que a parte deveria ser reformada para seguir a aparência original. Segundo a tradição, no interior da catedral está guardada a urna de ouro com os restos mortais dos Três Reis Magos Baltazar, Melchior e Gaspar.